Ho un HD da 1T WesternDigital con il software wiibackmanager carico i giochi sul HD e fin qui tutto bene, però se poi ci carico altri giochi e lo ricollego alla wii, con USB Loader GX mi vede solo quelli nuovi e quelli vecchi sono spariti. Con Wiiflow tutto bene.

Direi che ha problemi nella gestione della cache dei giochi.
Potresti avere una versione buggata.
Provane un'altra anche vecchia se stai usando l'ultima