Svariati cambiamenti furono effettuati dopo il rilascio di Ocarina of Time. Tutte le cartucce dorate vendute nel 1998 appartengono alla versione 1.0. Le cartucce dorate appartenenti alla versioni 1.1 cominciarono ad essere disponibili già agli inizi del 1999. In questa versione, molti bug furono corretti. La maggior parte delle cartucce grigie appartengono, invece, alla versione 1.2. Esistono, tuttavia, cartucce grigie appartenenti alla versione 1.0 o 1.1 del gioco.
La versione 1.0, a differenza delle altre, contiene un errore di programmazione che permette di giocare senza la Master Sword. Di conseguenza, è possibile usare qualsiasi oggetto a cavallo di Epona. La versione 1.1 è molto simile alla precedente, ma non contiene questo glitch. Esiste comunque un trucco, funzionante in tutte le versioni, che permette di fare quanto descritto sopra. Il giocatore deve sfruttare il glitch "Ocarina Items" e suonare la Sun's Song, dopo aver perso la spada nel combattimento finale. Infine, deve salvare e riavviare la console. Un'altra differenza tra le tre versioni è il colore del sangue di Ganon alla fine del gioco. Nella versione 1.0 il sangue è rosso, nella versione 1.1 il sangue è verde, rosso o blu in base alla tunica indossata da Link e nella versione 1.2 esso è verde. Infine, il tema musicale originale del Fire Temple mise in subbuglio la comunità islamica perché esso era in realtà la professione di fede musulmana. La frase, tradotta dalla lingua araba, è la seguente: "Testimonio che non esiste altro dio all'infuori di Allah".[25][26] Un altro glitch popolare, corretto nelle ultime versioni, permetteva di usare la canna da pesca all'infuori del laghetto. Questo glitch causava spesso il freeze del gioco.

Per approfondire, vedi le voci Master Quest e Collector's Edition.
Ocarina of Time fu rilasciato anche sulla console Nintendo GameCube, integrato in The Legend of Zelda: Ocarina of Time - Master Quest e in The Legend of Zelda: Collector's Edition. In entrambi i casi, il gioco consisteva in un'immagine ROM emulata. Una differenza significativa tra queste versioni consiste nel fatto che il simbolo usato dai Gerudo nel gioco fu sostituito, ancora una volta a causa di proteste da parte della comunità musulmana.

Ocarina of Time è stato rilasciato in Europa e in Australia il febbraio 2007 per la console Nintendo Wii. È stato inoltre pubblicato il 26 febbraio 2007 in Nord America, e in Giappone il giorno successivo. Il gioco appartiene alla versione 1.2. Anche qui, però, il simbolo dei Gerudo è stato cambiato.

Durante l'E3 2010 è stato annunciato un remake di Ocarina of Time per il Nintendo 3DS. Il gioco è uscito in Europa il 17 giugno 2011 presentando una grafica migliorata, possibilità di poter usare il sensore giroscopico per la visuale in prima persona e la possibilità di poter scegliere la modalità Master Quest, la nuova modalità Boss Challenger (per poter affrontare i boss presenti nel gioco in sequenza o uno alla volta) oltre alla modalità classica di gioco.